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汉代思想界因官方扶持，孔子的地位被推至顶峰。六经被奉为孔子所著，而纬书则假托孔子之名，将其神化为预知未来的“黑地大神之子”，甚至赋予宗教色彩。但儒家内部理性派反对神化，强调孔子仅是继承古代文化的圣人，未涉足政治预言。
古文学派与今文学派的争论成为学术焦点。古文学派以刘歆为代表，主张古文经书的正统性，被视为对今文学派（董仲舒追随者）的抗议性思想革命。今文学派延续孟子理想主义，强调天人感应与历史循环论；古文学派则倾向荀子现实主义，主张自然主义宇宙观，与道家思想关联。
西汉末至东汉初，杨雄的《太玄》融合老子与《易经》思想，反对阴阳家学说；王充的《论衡》以科学怀疑精神批判天人感应论，指出天道自然无为，否定灾异谴告之说。两者代表古文学派的自然主义立场，与今文学派的目的论形成鲜明对立，凸显汉代儒学内部思想多元性。